フリーメールサービスを提供する大手企業のフリーメールのセキュリティは一定の信頼を置くことが出来るが、フリーメールのIDやパスワードを不正に入手しようと試みるフィッシングサイトが存在するため、利用には注意を払う必要がある。 また、フリーメールを提供する会社のシステムアドミニストレーターは利用者のメールを覗き見ることも可能であり、社外秘の情報をフリーメールサービスに転送するのは情報漏洩のリスクも存在する。 近年では利用者のメールを解析して広告を挿入する事業者も出てきたが、広告の挿入だけに留まらず、メールの中身を事業者側で検索可能な状態に置いているケースもあり、機密情報の漏洩を防ぐため、社員によるフリーメールの利用を制限しようと試みる企業も出てきた。 また、アカウント廃止後に同名のアカウントを別のユーザが取得できることもあり、定期的にメールが配信されるサイトの場合、そこの会員であることが判明してしまう。パスワードリマインダ機能の仕様によっては、そのサイトに登録していた住所なども分かるようになってしまう。
大部分のフリーメールは、一定期間(6ヶ月や45日など)ログインをしないと、アカウント削除や保存されているメールの全消去を行っている。これは、POP受信が可能なフリーメールの場合、ウェブでログインしなければ、OEなどのメールソフトでPOP送受信をしていても「ログインをしていない」とみなされることがあるため注意を要する。但し、有料サービスに加入をすればアカウントの削除や保存メールの消去が免除される。 特に検索エンジン系大手フリーメールで、そういった規約がない時期に入会したユーザーに対しても、規約変更後は一律にそのシステムを適用した例があり、まめに規約を確認していなければこのトラブルに見舞われることがありえる。 なお、この期間制限は、目立たない箇所に表記しているプロバイダが多く、意識的に探さなければ分からないことが多い。Gmail(9ヶ月)のように日本語ページにはまったく表記していないプロバイダもある。 また、中小のフリーメールなどでは、事前にユーザーにまったく告知をせずにサービス廃止をすることもあり、送受信はもとより保存されていたメールも消滅してしまう。 このため、定期的にバックアップを取っておくか、POP受信もしてそれをバックアップ代わりにするなどの対策が求められる。
(出展:Wikipedia)